La Universidad de San Buenaventura nació en Santafé de Bogotá, a finales del siglo XVII, como Colegio de San Buenaventura. "El claustro surgió de las legítimas aspiraciones de la Provincia Franciscana del Nuevo Reino de Granada de tener su propio centro de estudios superiores, en donde se profesaran las enseñanzas de la escuela franciscana, centradas en el binomio de sus maestros más representativos: San Buenaventura y el Beato Juan Duns Escoto" Deriva su nombre del insigne maestro y Doctor de la Iglesia, San Buenaventura, nacido en Bagnoregio (Italia) en 1221 y fallecido en Lyon (Francia) en 1274, quien como conocedor, intérprete y transformador de la cultura de su tiempo, unió el conocimiento de la ciencia con la vivencia y difusión del Evangelio, convencido de que estudio y ciencia son esenciales al ideal franciscano. Con esta claridad, aportó al desarrollo y organización de la Orden Franciscana.
La Universidad de San Buenaventura en Colombia fue fundada por la Orden Franciscana conforme al "Decreto Especial" del Definitorio Provincial de los franciscanos de 1688, por el cual se determinó "que en Santa Fe, se erigiese y formase un Colegio con el título del excelso doctor San Buenaventura". Su dirección y construcción estuvo a cargo de Fray Diego Barroso, en 1708. Obtuvo su reconocimiento como institución plenamente constituida en el Capítulo General de la Orden Franciscana reunido en Valladolid, España, en 1740 y fue aprobada por la Corona Española mediante Cédula Real de Fernando VI, en 1747, "por la cual debían reconocerse a los estudiantes seculares los cursos que legítimamente constare para la obtención de sus respectivos grados, en la Universidad de aquellos reinos".
En Santafé de Bogotá funcionó ininterrumpidamente hasta el siglo XIX, cuando el gobierno nacional del General Tomás Cipriano de Mosquera dispuso la extinción de las comunidades religiosas por Decreto del 5 de noviembre de 1861. La presencia francisca en la vida cultural de Colombia no pudo ser apagada por la supresión de las comunidades religiosas como que sus raíces, hundidas en el suelo de la patria desde 1550, eran capaces de soportar toda adversidad. A finales del siglo XIX, un pequeño grupo de frailes, adheridos a su vocación de seguidores de San Francisco y aglutinados por Fray Jacinto Ramón Ávila, lograron revivir la llama de la Escuela Franciscana. Un siglo mas tarde, en 1961, el Colegio fue restaurado con la Facultad de Filosofía, mediante el Acuerdo N° 16 del 14 de junio de ese mismo año y ratificado por Decreto 2892 de 1.964.
En 1973 el Colegio Mayor de San Buenaventura solicitó el cambio de nombre por el de Universidad de San Buenaventura, solicitud que fue aceptada y ratificada mediante el Decreto 1729 del 30 de agosto de 1973. En 1975, mediante la Resolución 1326 del 25 de marzo, emanada del Ministerio de Educación Nacional, al tenor de los Decretos 125 y 1277 de 1973, fue reconocida como "fundación sin ánimo de lucro, regentada desde su origen por la Provincia Franciscana de la Santa Fe de Colombia, que mediante la actividad formativa contribuye al fomento y desarrollo de la educación colombiana". Acorde con el Artículo 19 de la Ley 30 de 1992 conserva su categoría de Universidad.
Tiene su domicilio principal y sede en la ciudad de Santafé de Bogotá y seccionales en las ciudades de Medellín, Cali y Cartagena. De conformidad con las disposiciones del Estatuto Orgánico puede establecer nuevas seccionales, facultades y programas e irradiar su acción a cualquier otro lugar de la República de Colombia. UNIVERSIDAD DE SAN BUENAVENTURA: Proyecto Educativo Bonaventuriano, Cali, 1998. MANTILLA, Luis Carlos: Raíces históricas y estado presente de la Universidad de San Buenaventura en Colombia. Santafé de Bogotá: Publicaciones U.S.B., 1986.