Los beneficiarios de crédito educativo deben realizar pagos mensuales durante la época de estudios, que cubren total o parcialmente, según su valor, los intereses que genera el capital girado, de acuerdo con los planes de amortización establecidos por ICETEX. Estas cuotas se pagarán durante todo el periodo de estudios y el año siguiente a la finalización de los mismos, que se conoce como periodo de gracia, con un incremento del 6% anual.

A partir del mes siguiente a la finalización del año de gracia, el beneficiario debe iniciar la amortización del saldo de la deuda, durante un tiempo equivalente al doble del período de estudios financiado. Durante cualquier época de la vigencia del crédito, se pueden efectuar abonos extraordinarios.